Sebagian besar informasi yang dibawa oleh materi genetik berbentuk urutan linear dari 4 macam basa nukleotida. Penentuan dari urutan ini, yang dikenal sebagai sekuensing, menjadi hal yang sangat penting dilakukan untuk mengungkap dan memahami kode genetik makhluk hidup.

       Prinsip sekuensing Sanger didasarkan pada proses replikasi DNA. Teknologi ini bekerja dengan melakukan inkorporasi acak dideoksinukleotida (ddNTPs) berlabel fluoresen selama proses replikasi DNA oleh DNA polimerase. Inkorporasi dideoksinukleotida ini menyebabkan terhentinya sintesis DNA, sehingga menghasilkan fragmen DNA dengan berbagai ukuran, masing-masing berujung label fluoresen. Fragmen-fragmen tersebut kemudian dipisahkan berdasarkan ukurannya menggunakan elektroforesis kapiler. Sinyal fluoresensi dari fragmen terkecil hingga terbesar direkam, sehingga memungkinkan penentuan urutan nukleotida pada target DNA.

     Seiring dengan kemajuan teknologi, muncul teknologi sekuensing baru yaitu NGS atau Next Generation Sequencing. NGS merupakan teknik sekuensing yang dapat membaca jutaan fragmen DNA secara paralel, sehingga dapat menghasilkan data dengan jumlah yang besar dalam waktu yang lebih singkat. Dengan NGS kita dapat menganalisis keseluruhan genom/transkriptom, sehingga dapat menghasilkan data yang lebih komprehensif. Hal tersebut sulit dilakukan dengan sekuensing Sanger, karena teknologi sekuensing Sanger hanya dapat mensekuensing jumlah fragmen terbatas dalam satu waktu, sehingga kurang efisien bila digunakan untuk sekuensing genom berukuran besar. Meskipun NGS kini semakin banyak digunakan, sekuensing Sanger tetap memiliki peran penting. Beberapa jenis penelitian masih memerlukan sekuensing Sanger. Sebagai gold standard dalam sekuensing DNA, sekuensing Sanger memiliki keakuratan yang tinggi, juga kualitas dan keandalan.

        Selain itu, sekuensing Sanger juga digunakan untuk memverifikasi sekuen plasmid atau insert. Dalam rekayasa genetika, verifikasi sekuen DNA dalam plasmid atau fragmen yang disisipkan sangat penting untuk memastikan konstruksi genetik yang benar. Sekuensing Sanger digunakan untuk mengonfirmasi bahwa tidak ada mutasi yang tidak diinginkan dan bahwa urutan DNA yang dimasukkan sesuai dengan desain eksperimen.

      Sekuensing Sanger saat ini tetap menjadi teknologi yang diminati karena akurasinya yang tinggi,  biaya yang rendah dan waktu pemrosesan yang cepat (turnaround time). Data yang dihasilkan oleh sekuensing Sanger juga mudah diinterpretasikan, bila dibandingkan dengan data NGS yang membutuhkan analisis bioinformatika yang kompleks, seperti pemrosesan data mentah, perakitan (assembly), serta anotasi varian, terutama untuk memverifikasi sekuen atau memvalidasi hasil yang terdeteksi oleh metode lain seperti hibridisasi array dan PCR. Menggunakan NGS untuk kebutuhan yang dapat dipenuhi oleh sekuensing Sanger akan menjadi pemborosan sumber daya, terutama dalam kasus di mana throughput yang rendah sudah cukup untuk memperoleh informasi genom yang diperlukan. Meskipun NGS kini sudah semakin banyak digunakan, sekuensing Sanger tidak akan segera tergantikan, bahkan masih akan terus digunakan dalam waktu yang lama. Baik sekuensing Sanger dan NGS, keduanya akan terus berkembang dan menemukan perannya masing-masing, juga dalam hubungannya satu sama lain.